Nach dem Ende der DDR wurde die Gedenkstättenarbeit in Mittelbau-Dora neu konzipiert. Im Mittelpunkt der inhaltlichen Arbeit steht das historische Geschehen vor Ort zwischen 1943 und 1945. Darauf verweisende bauliche Relikte und Orte im Lagergelände wurden sichtbar gemacht und gekennzeichnet. Die vor 1989 errichteten Denkmalsanlagen blieben als Dokumente des Umgangs mit der NS-Vergangenheit in DDR-Zeiten erhalten.
Durch den Bau eines Zugangsstollens wurde die historische Stollenanlage 1995 wieder zugänglich gemacht. Der Neubau eines Museumsgebäudes mit Dauerausstellung, Besucherinformation, Buchladen, Seminarräumen, Archiv, Bibliothek, Sammlung und Büros für die Mitarbeiter:innen folgte 2005. 2006 wurde im neu errichteten Museumsgebäude eine ständige Ausstellung zur Lagergeschichte eröffnet, in deren Mittelpunkt die Bedeutung Mittelbau-Doras als Modellfall der KZ-Zwangsarbeit steht.
In den frühen 2000er-Jahren wurden außerdem der ehemalige Lagerbahnhof und der einstige Industriebereich des Lagers Dora erschlossen und gekennzeichnet. 2011 wurden die Überreste des ehemaligen Lagergefängnisses durch Betonaufsätze geschützt, Stampfbeton zeichnet die ehemalige Mauer des Gefängnishofes nach.
Bis heute wird das Lagergelände immer weiter erschlossen. Im Zuge von
Der Wegfall der Grenzanlagen machte nach 1989 auch das größte Außenlager des KZ Mittelbau in Ellrich-Juliushütte wieder zugänglich. Dort war das ehemalige Häftlingslager nach 1945 durch die innerdeutsche Grenze geteilt worden. Die ehemaligen Häftlingsunterkünfte waren zunächst durch die DDR und später auch auf westlicher Seite geschliffen worden.
1995 begannen Mitglieder des Vereins