Während zunächst amerikanische und britische, später sowjetische Raketenexperten die im Mittelwerk lagernden Konstruktionsunterlagen und Bauteile der V2-Rakete sicherstellten, versuchten alliierte Untersuchungskommissionen die in den Mittelbau-Lagern begangenen Verbrechen aufzuklären. 1946 verurteilte ein britisches Militärgericht im Bergen-Belsen-Prozess in Lüneburg mehrere SS-Angehörige, die im April 1945 von Mittelbau-Dora nach Bergen-Belsen gekommen waren.
Der größte Prozess gegen Täter aus dem KZ Mittelbau-Dora fand 1947 in Dachau statt. In dem amerikanischen Militärverfahren standen 18 SS-Angehörige und Kapos sowie mit Georg Rickhey der vormalige Generaldirektor des Mittelwerkes vor Gericht. Neben einem Todesurteil und mehreren langjährigen Haftstrafen gab es auch einige Freisprüche, darunter für Rickhey.
Rickhey hatte zu mehreren Dutzend Ingenieuren und Managern gehört, die 1945 in amerikanische Dienste übergetreten waren. An ihrer Spitze standen Wernher von Braun und Arthur Rudolph, die in den USA zunächst weiterhin Raketenwaffen konstruierten und in den 1960er-Jahren das amerikanische Mondflugprogramm leiteten. Auch für das sowjetische Raketenprogramm arbeiteten seit 1945 ehemalige Mittelwerk-Ingenieure.
Wie die meisten Raketeningenieure konnten auch die Baufachleute aus dem Bereich des KZ Mittelbau-Dora nach dem Krieg ihre Karrieren oftmals nahtlos fortsetzen. Nur sehr wenige von ihnen wurden wegen ihrer Mitverantwortung für die Zwangsarbeit und die an den Häftlingen begangenen Verbrechen zur Rechenschaft gezogen.