Die stickige, feucht-kalte Luft im Stollensystem und die unzureichenden hygienischen Zustände in den Schlafkammern begünstigten die rasche Ausbreitung von Krankheiten, darunter Tuberkulose, Typhus oder Fleckfieber. Fehlende Schutzkleidung bei der Arbeit führte zu häufigen Verletzungen wie Brüchen oder Quetschungen. Für die SS stand die Ausbeutung der Arbeitskraft der Häftlinge im Vordergrund. Ihre Gesundheit war allenfalls zum Erhalt der Arbeitsfähigkeit von Interesse.
Schnell wurde ein provisorisches Krankenrevier eingerichtet, das zunächst in Zelten vor, später dann im Stollen untergebracht war. Zahlreichen Häftlingen konnte dort nicht mehr geholfen werden, sie starben an den Folgen von Krankheit, Verletzung und Erschöpfung. Schon im Oktober gab es den ersten Toten, bis einschließlich März 1944 starben in Dora mindestens 3.000 Häftlinge.